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Base de connaissance du LBGI - L'espace de partage top-secret du LBGI

LBGI

Vous êtes ici sur Lbgiki le serveur Wiki privé du LBGI BioInformatique et Génomique Intégratives
Le wiki public est Wikili

LBGI est un acronyme récursif qui signifie LBGI Bioinformatique et Génomique Intrégratives

Pourquoi un autre wiki ?

Parce que toute vérité n'est pas bonne à dire, certains projets doivent demeurer (temporairement ?) privés au reste du monde. La gestion des droits de lecture d'un wiki implique un important remaniement d'installation afin de garantir une sécurité maximale. Le LbgiKi diffèrera donc du Wikili mais y sera connecté.

Les projets

• Web nos vielles pages web http://www-bio3d-igbmc.fr devenues http://lbgi.fr et autres Voir Architecture Web
• EVI-Genoret et Fed (Federating Data) le CMS maison issu de Genoret Database
• EvolHHuPro
• OncoVaccine
• SM2PH
• MSV3D
• CilioCarta

Les anciens projets

• Ca va démenager ! Petit pense-bête de ce qu'il faut faire. ... ou plutôt de ce qui a été fait car on y est depuis septembre 2013
• BIRD ... n'est plus :'(
• IBISSA
• STAF
• ALEXSYS
• SORTEZ
• H1PV
• EuTRACC
• MyoSysBio
• iDOUBT

La boite à outils

Quel outil utilise quel outil ?

Recensement de tous les outils développés en interne par le LBGI, classés par domaine.

• Annotation
• BIRD
• Génomique
• Phylogénétique
• Statistiques
• Programmation
• Structure
• Techniques
• Gscope Documentation Project
• Café des Sciences (sur Wikili)
• StrStat Structural Statistics for Proteins (Thomas Gaillard thomas.gaillard@polytechnique.edu)
• PARSEC PAtteRn SEarch Context
• GEPETTO
• Wali Les ALIgnements visualisés en Web
• AlAnnot ANNOTation d'ALignements
• OlymClade LEs Olympiades pour les Clades dans CilioCarta

Les bases de données

• Backup des bases de données.
• Mises-à-jour des bases de données
• Gènes
• Structures
• KEGG
• String et StringInteractome
• GO et GoGetShow
• Refseq
• GxDb et son site web Gx

Les génomes complets

• Human Homo sapiens
• Mouse Mus musculus
• Dog Canis familiaris

Les outils

• Google Analytics
• SourceForge
• Nos serveurs virtuels SerVir
• Installation_Ubuntu et, ... en cours l'Installation Ubuntu sur Ena
• Isolation du serveur Eyear
• Interproscan
• Certains de nos sites sont sous Joomla
• Serveur d'applications windows
• Subversion
• Sun Grid Engine
• XML/SWF (Sexiest charts engine ever, for web and powerpoint)
• Xvfb Virtual Frame Buffer pour faire de l'affichage X en virtuel
• SolexaQA Software to calculate quality statistics and visual representations of data quality for second-generation sequencing data

Administratif

• exemple de signature pour email

Nos Réunions

• Weekly Lab Meeting LBGI meeting